В территориальном отделе ежегодно осуществляется мониторинг за состоянием 13 поверхностных водоёмов, находящихся на территории Северодвинска. Это озёра Белое, Новое, Рассошное, Кудьмозеро, Кородское, реки Солза, Ширшема, Кудьма и Северная Двина, а также Белое море и три рефулёрных озера в черте города. Ведётся отбор и исследование проб воды по санитарно-химическим, микробиологическим и паразитологическим показателям, а также проводится анализ проб песка с побережья Белого моря острова Ягры.

По результатам исследований установлено несоответствие по ряду санитарно-химических, микробиологических показателей рек Северной Двины, Кудьмы и Солзы, озер Кудьмозеро, Кородское и Россошное, рефулёрных озёр Кислое, Театральное и Первостроителей, а также озера на улице Железнодорожной. Превышены санитарно-химические показатели в воде Белого моря в районе острова Ягры и в заливе Параниха.

Исследованные пробы воды озера Белое и реки Ширшемы по санитарно-химическим, микробиологическим и паразитологическим показателям соответствуют требованиям санитарного законодательства.

В пробах песка пляжной зоны острова Ягры все паразитологические, санитарно-химические и микробиологические показатели находятся в норме.